Происхождение и воспитание Софьи, ее долгое пребывание при дворе римского папы, несчастья, постигшие семью Фомы Палеолога, не могли не сказаться на характере принцессы, о силе и независимости которого особенно ярко говорят обстоятельства последних двух десятилетий ее жизни. Династическая борьба, перипетии которой попали на страницы русских летописей, проходила в конце XV века при активном участии великой княгини Софьи. Эхо тех событий мы найдем в воспоминаниях не только современников случившегося, но и в высказываниях некоторых деятелей русской истории XVI столетия, например, в деле Ивана Берсеня Беклемишева и в посланиях Андрея Курбского царю Ивану IV. Одна из основных причин такого внимания состоит в том, что Софья Палеолог оказалась в центре острой династической борьбы, развернувшейся при московском великокняжеском дворе в последнее десятилетие XV века. В 1480-е годы здесь складываются две группировки феодальной знати, знаменем одной из которых был наследник престола князь Иван Молодой, сын Ивана III от первого брака (родился 15 февраля 1458 года).

Вторая образовалась в окружении гречанки Софьи Палеолог. Почвой для соперничества послужили не только династические, но и религиозные вопросы, а также политические ориентиры участников этих партий. Борьба между ними особенно обострилась после 1490 года, когда Иван Молодой умер (странная смерть – в результате лечения подагры!) и как наследник престола стал выдвигаться, не без помощи матери, Елены Волошанки, его сын Дмитрий, внук Ивана III (родился 10 октября 1483 года). Несмотря на то, что первоначально чаша весов склонялась в пользу княжича Василия, старшего сына Ивана III и Софьи Палеолог, с 1492 года положение меняется, и постепенно Василий оттесняется на второй план. В 1497 году его вместе с матерью великий князь даже обвиняет в заговоре и удаляет от себя, казнив некоторых людей из окружения княгини Софьи. В феврале 1498 года Дмитрий Внук был объявлен наследником престола, хотя какой-либо заметной роли в решении государственных дел этот подросток не играл и собственной линии поведения не имел.

Но изменение общей политической ситуации уже через год привело к резкому повороту в судьбах потомков Ивана III. Партия Елены Волошанки и ее сына Дмитрия терпит крах по целому ряду причин: здесь и резкая перемена политики по отношению к Литве отца Елены, Стефана Великого, и разгром партии нестяжателей, на которую опиралась эта княгиня. О поддержке еретиков снохой великого князя свидетельствует высказывание самого Ивана III, сделанное в 1503 году в одной из бесед с Иосифом Волоцким: «А Иван, деи, Максимов и сноху и мене мою в жидовство свел. А однолично, деи, пошлю по всем городам, да велю обыскивати еретиков, да искоренити». В редультате Василий, сын Софьи Палеолог, нарекается в 1499 году князем Новгородским и Псковским, а в 1500 году его уже называют «великим князем всея Руси».

Окончательное падение Дмитрия Внука и его матери, княгини Елены (в 1502 году они были посажены в тюрьму, где и умерли), ставит точку в решении затянувшегося династического спора при дворе великого московского князя. Удивительно, что в итоге длительной борьбы за власть наследником престола стал представитель не старшей, законной, а младшей ветви династии в лице князя Василия, сына Софьи. О значимости этого события для великой княгини, о ее роли в династической борьбе при русском двое свидетельствует дошедший до нас интереснейший памятник прикладного искусства – шитая пелена 1499 года, вклад Софьи Палеолог в Троице-Сергиев монастырь. Изображения на пелене говорят о основном об Иване III и его сыне Василии.

Слева от Боголюбской иконы помещен Иоанн Златоуст, справа от Иоанна Предтечи – апостол Тимофей. Это святые, имена которых носил великий князь. Василий Парийский и архангел Гавриил – святые сына Софьи Василия. Великая княгиня даже не помещает на пелене своей святой. Этот вклад говорит о сыне Василии и не является молением о всей великокняжеской семье, так как сделан по особому поводу – по случаю победы партии Софьи Палеолог в борьбе за наследование престола ее сыном. О том, что пелена была создана при активном участии великой княгини Софьи, свидетельствуют интересные особенности и в иконографии памятника, и в технике его исполнения.

Но самое главное в нем – необычно пышный титул Софьи Палеолог во вкладной надписи. Напомним, что в средневековой Руси женщин почти всегда называли только по имени мужа, часто без упоминания ее собственного. Софья не забыла о своем высоком происхождении и в надписи постаралась подчеркнуть приоритет своих предков в наследовании власти в Русском государстве. Звучит эта вкладная формула так: «Лета 7007 создана сия пелена при благоверном великом князе Иване Васильевиче вея Руси и при его сыне великом князя Василе Ивановиче и при архиепискупе Симане митрополите замышлением и повелением царевны царьгородцкыя великою княгинею московскою Софьею великого князя Московского; молилася Троице Живоначальныя и Сергию чудотворцу и приложила сию пелену». В этом интересном памятнике своего времени Софья Палеолог остается как бы в тени и только во вкладной надписи напоминает все о своем царственном происхождении и величии.